בדיקת האולטראסונד הגינקולוגי משלימה את הבדיקה ומדגימה את הרחם השחלות. לאחר היכרות עם התסמינים ולאחר הבדיקה הגינקולוגית והסונוגרפית ניתן לעלות חשד להימצאות אנדומטריוזיס. בדיקת האולטראסאונד מדגימה ציסטה שחלתית אנדומטריומה בנקל וביכולת אבחנה מצויינת.
לאחר הערכה ראשונית עולה הצורך לעיתים לבצע בדיקות הדמייה נוספת, בדיקות המכוונות למע׳ העיכול (על קול פריאנלי, קולונוסקופיה, חוקן בריום) בדיקת אולטראסאונד גינקולוגי ייעודי עשוייה לזהות מיקום נגעים, ציסטה שחלתית כגון אנדומטריומה ולסייע בתכנון הניתוח, לעיתים רחוקום יש מקום לבדיקת MRI אגני.
אין הכרח בביצוע בדיקת CA-125 באופן רוטיני ותשובה תקינה אינה שוללת הימצאות אנדומטריוזיס אך תשובה חיובית עשויה לחזק את החשד העולה מהכרת תלונות המטופלת ומבדיקתה ועשוייה לסייע במעקב לאחר התחלת טיפול. בד"כ כאשר קיים ממצא ציסטי כגון אנדומטריומה נמצא עלייה בערכי CA 125.
הדרך היחידה כיום לאשר את האבחנה של אנדומטריוזיס הינה הלפרוסקופיה, החדרת סיב אופטי דק דרך הטבור, בהרדמה כללית מאפשרת סקירת חלל הבטן והאגן ומאפשרת לקיחת דגימה לבדיקה היסטולוגית. במהלך הבדיקה ניתן לזהות בבירור את הרחם החצוצרות והשחלות, ניתן לזהות את מוקדי אנדומטריוזיס, אנדומטריומה, דרגת פיזורם ודרגת החומרה של המחלה. במידה והמבצע מומחה בתחום מומלץ כמובן לטפל כירורגית במחלה בשלב זה, כאשר טיפול בציסטה השחלתית, אנדומטריומה במוקדים עמוקים ובאלו המערבים את שלפוחית השתן והמעי דורשים מיומנות רבה.